Die Norden führt auch Versorgungsfahrten im Bereich des ostfriesischen Wattenmeers durch. Das Vermessungsschiff Norderney ist mit Fahrwasserpeilungen im Bereich der Ostfriesischen Inseln von Borkum (Emsmündung) bis Minsener Oog (Jadebusen/Wesermündung) beauftragt. Mit der THOR, die in Wilhelmshaven vor Anker liegt, jedoch organisatorisch dem Niedersächsischen Landesbetrieb für Wasserwirtschaft, Küsten- und Naturschutz (NLWKN), Betriebsstelle Norden/Norderney unterstellt ist, der Janssand und der Leyhörn stehen Schiffe zur Schadstoffbekämpfung auf See zur Verfügung.[200] Mit der Otto Templin unterhält die Reederei Norden-Frisia seit Sommer 2008 ein Verkehrssicherungsfahrzeug. Das Schiff hat die Aufgabe das für den Schiffsverkehr gesperrte Baufeld des Offshore-Windparks Alpha Ventus vor Borkum zu schützen und den umliegenden Seeraum auf mögliche Gefährdungen durch den Seeverkehr zu überwachen.
Neben den Fähren und der vom Niedersächsischen Landesbetrieb für Wasserwirtschaft, Küsten- und Naturschutz (NLWKN) eingesetzten Flotte der Betriebsstelle Norden-Norderney/Forschungsstelle Küste gibt es seit 1977 einen Sportboothafen im Norderneyer Hafen, der direkt an den Hafen angeschlossen ist und vom Seglerverein Norderney e. V. betrieben wird. Der Norderneyer Jacht- und Segelclub ist mit knapp 300 Liegeplätzen an den Hafen angeschlossen und unterhält das ehemalige Ostsee-Fahrgastschiff Deutsch-Sowjetische Freundschaft unter dem Namen MS Freundschaft als Schulschiff. Außerdem gibt es eine Surfschule. Zwei Speditionen und mehrere Unternehmen sind ebenfalls im Hafen ansässig.
Zum Hafen gehört eine Schiffsdiesel- und Wassertankstelle und ein Anleger, an dem Flachkiel-Güterfähren (Frisia VII und Störtebeker) anlegen, um unter anderem den Müll von der Müllumschlaganlage der Insel abzutransportieren, der auf dem Festland, unter anderem in Großefehn, Hage, sowie im Wiederverwertungszentrum Georgsheil, weiter verwertet wird.